继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：杰夫·丹尼尔斯 埃文·罗 比尔·坎普 阿梅尔·艾米恩 乔恩·迈克尔·希尔 Shanita Wilburn Nathan Rudd L. Warren Young 乔什·帕斯 杰瑞卡·辛顿 阿特金斯·埃斯特蒙德 Keith Brooks Scott Daniel Johnson 库尔特·岳 葛人杰·海恩斯 安德里亚·弗兰克尔 理查德·托普尔 约翰·莱西 布里特·乔治 Sam Wren Vincent
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演员：本尼迪克特·康伯巴奇 马丁·弗瑞曼 鲁珀特·格雷夫斯 马克·加蒂斯 安德鲁·斯科特 尤娜·斯塔布斯 露易丝·布瑞丽 劳拉·普沃 凯瑟琳·帕金森 拉塞尔·托维 阿米莉亚·布摩 伊恩·哈拉德 丹尼·韦伯 奥娜·卓别林 安德鲁·哈维尔 托德·博伊斯 理查德·坎宁汉姆 卢克·纽伯里 罗莎琳德·霍尔斯特德 彼得·佩德罗 霍纳·妮芙茜 汤玛欣·蓝德 利萨·麦克阿里斯特 Simon Thorp Anthony Cozens Rosemary Smith
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演员：塔内尔·厄尔梅兹 埃尔坎·科萨克·科斯滕迪勒 西法努尔·古尔 比伦特·萨克拉克 德夫里姆·雅库特 杜鲁尔·巴赞 Aram Dildar Ilkay Eren 马吉德·科佩尔 Engin Benli Sennur Nogaylar
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